Wenn git beim Zugriff auf ein Repository via SSH (mittels plink) den Fehler "fatal: The remote end hung up unexpectedly" meldet kann dies auch daran liegen, dass man eine Putty-Session hat die wie die URL des Repositories heißt.
Ist die URL z.B. ssh://git.mydomain.com/reponame.git, dann darf man keine Putty-Session mit dem Namen git.mydomain.com haben, da sonst obiger Fehler auftritt.